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La plupart des champs de force classiques incluent implicitement l`effet de la polarisations, par exemple, en faisant augmenter les charges partielles obtenues à partir de calculs chimiques quantiques. Ces charges partielles sont stationnaires par rapport à la masse de l`atome. Mais les simulations de dynamique moléculaire peuvent modéliser explicitement la polarabilité avec l`introduction de doublets induits par différentes méthodes, telles que les particules Drude ou les charges fluctuantes. Cela permet une redistribution dynamique de la charge entre les atomes qui répond à l`environnement chimique local. À l`autre extrémité de l`échelle de détail sont des modèles à grains grossiers et treillis. Au lieu de représenter explicitement chaque atome du système, on utilise des «Pseudo-atomes» pour représenter des groupes d`atomes. Les simulations de MD sur des systèmes très volumineux peuvent nécessiter des ressources informatiques aussi importantes qu`elles ne peuvent pas être facilement étudiées par les méthodes traditionnelles de tous les atomes. De même, les simulations des processus sur de longues échelles de temps (au-delà d`environ 1 microseconde) sont prohibitivement coûteuses, parce qu`elles exigent tant d`étapes de délai. Dans ces cas, on peut parfois s`attaquer au problème en utilisant des représentations réduites, qui sont également appelées modèles à grains grossiers. [41] des exemples de méthodes de grainage grossier (CG) sont des dynamiques moléculaires discontinues (CG-DMD) [42] [43] et des modèles Go. [44] le gros-grain se fait parfois en prenant de plus gros Pseudo-atomes.

Ces approximations des atomes Unis ont été utilisées dans les simulations de MD des membranes biologiques. La mise en œuvre d`une telle approche sur les systèmes où les propriétés électriques sont intéressantes peut être difficile en raison de la difficulté d`utiliser une distribution de charge appropriée sur les Pseudo-atomes. 45 les queues aliphatiques des lipides sont représentées par quelques Pseudo-atomes en rassemblant 2 à 4 groupes de méthylène dans chaque Pseudo-atome. Il existe une grande variété de potentiels semi-empiriques, appelés potentiels à liaison étroite, qui varient selon les atomes modélisés. Pour simuler des molécules dans un solvant, un choix doit être fait entre un solvant explicite et implicite. Les particules de solvant explicites (telles que les modèles d`eau TIP3P, SPC/E et SPC-f) doivent être calculées de manière coûteuse par le champ de force, tandis que les solvants implicites utilisent une approche de champ moyen.